
McLaren je gazio sve pred sobom. Ovoga puta red je bio na Alaina Prosta da ubeleži titulu, njegovu treću u karijeri. Međutim, ove sezone su odnosi između njega i Senne kulminirali.
Bitka između Prosta i Senne je bila glavna tema ove sezone, ostatak grida je imao sporednu ulogu. Nigel Mansell je napustio Williams i prešao u Ferrari, gde mu je timski kolega bio Berger. Williams ove sezone nije koristio Judd motore, već je prešao na Renaultove. Ferrari je imao još jedan adut u rukavu, jer je uveo polu-automatski menjač, tako da su njihovi vozači mogli da drže obe ruke na volanu.
Thierry Boutsen se pridružio Williamsu, a njegovo mesto u Benettonu je popunio Johnny Herbert. Michele Alboreto je takođe promenio tim, napustio je Ferrari i prešao kod starih prijatelja u Tyrrell.
Kraj osamdesetih je bio dobar za nove timove. Brabham se vraća nakon jednogodišnje pauze, ovaj put na čelu tima je bio švajcarski investitor Joachim Luthi, a za tim su vozili Martin Brundle i Stefano Modena. Najbržem cirkusu se pridružio još jedan tim, u pitanju je bio Onyx, za koga su vozili Stefan Johansson i Bertrand Gachot, koji je kasnije zamenjan sa JJ Lehtom.
Senna je imao pol poziciju u Brazilu, ali je nije uspeo da iskoristi, Paterse dolazi do vodeće pozicije. Pobeđuje Nigel Mansell, ispred Alaina Prosta. Iza njih su završili Mauricio Gugelmin, a na četvrtom mestu je bio Herbert, ova dvojica su imala jedan od najimpresivnijih debija u Formuli 1.

Nigel Mansell pobeđuje na VN Brazila
Senna je imao lidersku poziciju u Imoli, ali je trka prekinuta zbog Gerharda Bergera, koji se slupao. Austrijanac je zadobio opekotine na rukama, a polomio je i rebra. Prost se kao i obično bolje snašao po restaru trke, ali je Senna uspeo da povrati prvu poziciju. Senna i Prost su VN Monaka startovali iz prvog reda. Senna je vodio od početka do kraja i veoma lako je pobedio Prosta. Brundle, koji je imao sigurnu treću poziciju, je odustao zbog kvara na elektronici, tako da je na trećem mestu završio Boutsen u Williamsu.
Senna je dominirao u Meksiku, dok je Prost izborom pogrešnih guma, pao na peto mesto. Mansell je imao drugo mesto, ali njegov menjač nije izdržao, tako da su Paterse i Tyrrelov vozač, Alboreto, došli do druge i treće pozicije. Sennin problem sa elektronikom u Feniksu, je omogućio Prostu da na veoma lak način dođe do pobede, ispred Patersea.

Senna i Prost na VN San Marina u Imoli 1989. godine
McLarenova dominacija je bila slomnljena u Kanadi, kada je Boutsen ubeležio prvu pobedu u karijeri, nakon što su McLareni odustali. Herbert nije uspeo da se kvalifikuje, tako da ga je Benetton otpustio, a na njegovo mesto je došao Emanuele Pirro. Velika drama u Francuskoj, Mauricio Gugelmin je izazvao masovni sudar u prvoj krivini, sa svojim Lyton House March bolidom, što je primoralo direkciju trke da prekine trku. Po restartu trke, Sennin prenos je otkazao, tako da je Prost samo odvezao trku do kraja i došao do pobede. Mansell je završio na drugom mestu, uprkos startu iz boksa.
Senna nije ubeležio ni bod na VN Velike Britanije, okrenuo se na stazi sa liderske pozicije i praktično poklonio pobedu Prostu. Mansell je oduševio publiku sa drugim mestom. Senna je uzvratio udarac u Nemačkoj, oporavio se od sporog pit stopa i obišao Prosta, jer je Francuz imao problema sa menjačem. Mansell je završio na trećem mestu.

Boutsen u Williamsu pobeđuje na VN Kanade
Mansell je bio u odličnoj formi na Hungaroringu, startovao je sa 12. pozicije i došao do pobede, dok su Senna i Boutsen popunili ostatak podijuma. Usledila je kišna trka u Belgiji na legendarnom Spa-Francorchampu, a Senna je imao lidersku poziciju od početka do kraja trke. Sunčan dan u Monzi, je išao na ruku Prostu, koji je ubeležio četvrtu ovosezonsku pobedu, ispred Bergera i Boutsena.
U Portugalu, Berger je pobedio Prosta i Johanssona. Mansell je promašio svoju garažu, vratio se u rikverc i dobio crnu zastavu. Ovu odluku je ignorisao, izašao je na stazu i udario Sennu, Britanac je nakon toga dobio zabranu učestvovanja u Španiji. Brazilac je u Španiji trijumfovao, ispred Bergera i Prosta.

Nannini na VN Japana 1989. godine
Prost i Senna su se sukobili u Japanu, gde je i odlučena titula. Senna je pokušao da uđe sa unutrašnje strane u šikanu, Prost je odbio da mu prepusti poziciju i došlo je do kontakta. Francuz je napustio stazu, dok je Brazilac uz pomoć redara uspeo da upali bolid i da se vrati u trku. U boksu su mu zamenili prednje krilo i Senna je došao do pobede. Prost se žalio sudijama i Senna je diskvalifikovan jer je startovao bolid uz pomoć redara. Nannini je u Japanu ostvario prvu pobedu u karijeri. Na poslednjoj trci u Australiji, Boutsen je pobedio Nanninija.
Usledila je žalba, ali je sud presudio u korist Prosta, tako da je Francuz došao do treće šampionske titule.
| Trka | Staza | Pol pozicija | Pobednik | Konstruktor | |
| 1. | Jacarepaguá | ||||
| 2. | Imola | ||||
| 3. | Monaco | ||||
| 4. | Hermanos Rodriguez | ||||
| 5. | Phoenix | ||||
| 6. | Gilles Villeneuve | ||||
| 7. | Paul Ricard | ||||
| 8. | Silverstone | ||||
| 9. | Hockenheimring | ||||
| 10. | Hungaroring | ||||
| 11. | Spa-Francorchamps | ||||
| 12. | Monza | ||||
| 13. | Estoril | ||||
| 14. | Jerez | ||||
| 15. | Suzuka | ||||
| 16. | Adelaide |
Plasman konstruktora:
Plasman vozača:
| Poz. | Vozači | Poeni |
| 1. | 76 | |
| 2. | 60 | |
| 3. | 40 | |
| 4. | 38 | |
| 5. | 37 | |
| 6. | 32 | |
| 7. | 21 | |
| 8. | 12 | |
| 9. | 8 | |
| 10. | 7 | |
| 11. | 6 | |
| = | 6 | |
| = | 6 | |
| 14. | 5 | |
| 15. | 5 | |
| 16. | 4 | |
| = | 4 | |
| 18. | 4 | |
| 19. | 4 | |
| 20. | 4 | |
| 21. | 3 | |
| = | 3 | |
| 23. | 2 | |
| 24. | 2 | |
| 25. | 2 | |
| 26. | 1 | |
| = | 1 | |
| = | 1 | |
| = | 1 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 | |
| - | 0 |